Getrennt lebend - gemeinsame Veranlagung

Hallo zusammen,
ich bin seit 05/2006 getrennt lebend und es war immer die Rede davon, dass für das Veranlagungsjahr 2006 eine gemeinsame Steuererklärung eingereicht wird (ist auch von ihrem Anwalt so angefordert worden)und die Erstattung sollte geteilt werden. Nun habe ich leider verspätet die Steuererklärung erstellt und die Daten elektronisch an das Finanzamt übertragen und wollte nun die Unterschrift meiner Noch-Ehefrau haben. Nun hat sie sich es anders überlegt und möchte eine getrennt veranlagte Steuererklärung selber abgeben.
Wie sieht da die Rechtslage aus? Da ich im Jahre 2006 noch Steuerklasse 3 und sie Steuerklasse 5 hatte, müsste ich viel nachzahlen und sie würde viel zurückerhalten.
Wie verhalte ich mich und bedanke mich vorab schon für Auskünfte.
Schöne Grüße
TommiS